סיכונים בהשתלות שיניים הנם נדירים, אך בכל זאת קיימים, כפי שהם קיימים בכל תהליך ניתוחי.

אי אפשר לתאר רפואת שיניים מודרנית ללא השתלות שיניים. יחד עם זאת, השתלת שיניים היא פעולה אלקטיבית, כלומר פעולה המבוצעת מבחירה. לכן, לאחר שהוחלט בכל זאת להשתמש בחלופה של שתלים דנטלים, רופא השיניים חייב לפעול למזעור הסיכונים. הדרך הנכונה היא הכנה טרום ניתוחית נאותה, אבחון מדוקדק  וביצוע זהיר ומדויק.
מסיבה זאת בדיוק חשוב ביותר לקבל מה המטופל הסכמה מדעת. הוא חייב להבין מהו הניתוח המתוכנן, סיכונים, סיכויים וחלופות. המטופל זכאי לקבל מידע מלא, כולל הסבר על היתרונות והחסרונות של כל החלטה שיקבל. רק לאחר שקיבל את כל המידע וקיבל שהות מספקת לשקול את צעדיו ניתן להתקדם עם ביצוע השתלים.

על מנת לוודא שהמטופל אכן שקל היטב והבין את המוסבר, עליו לחתום על טופס הסכמה המפרט את כל הסיכונים, החלופות ולשקף את הנאמר בשיחת ההסבר.

מה הם סיכונים בהשתלות שיניים ?

פגיעה בעצב. עלולה לגרור אחריה נזק עצבי מלא או חלקי, זמני או קבוע. סיבוך זה עלול לקרות בעיקר בלסת התחתונה, כיוון שקיימים מספר עצבים גדולים באזור האמור לקבל את השתל. אבחון רשלני ואי הקפדה על נוהלי העבודה אחראים לכ- 100% ממקרי הפגיעה העצבית. ניתן למנוע כמעט לחלוטין את הסיכון לפגיעה בעצב על ידי שימוש בצילומי סי טי, תכנון ממוחשב, שימוש במדריכים כירורגיים מדויקים, שימוש במקדחים מיוחדים בעלי בקרת עומק. חשיבות רבה מיוחסת למומחיות רופא השיניים המשתיל.
במקרים הגבוליים המועדים לפגיעה עצבית כדאי גם להשתמש בשתלים בעלי מבנה הנדסי מתאים לאזור. הפגיעה העצבית נחשבת לגדול הסיכונים בהשתלות שיניים ולרוב אינה ניתנת לתיקון . סיבוך זה נחשב לרשלנות רפואית מובהקת ועלול לגרום להתערבות עורך דין לרשלנות ברפואת שיניים .

דחיית השתלים. אצל אדם בריא הסיכוי לכישלון השתל הדנטאלי עומד על 2% בלסת התחתונה ועל 4% בלסת העליונה. ההבדל בין הלסתות נובע מכך שצפיפות העצם בלסת העליונה נמוכה יותר. העצם יותר אוורירית, יותר דלילה ולכן מספקת תמיכה חלשה יותר לשתל.
מטופלים עם בעיות בריאותיות מסוימות, חולים המקבלים תרופות מיוחדות, מעשנים – נמצאים בקבוצת סיכון לכישלון השתלים.

כישלון השתל מתרחש לאט, לאורך חודשים ואף שנים. אם רופא השיניים המשתיל מצליח לזהות את הבעיה בשלב מוקדם- ניתן לרוב לשפץ שתל דנטלי כושל  ולהציל אותו.

הסיכוי לכישלון השתל יורד ככל שלרופא המשתיל יש יותר ניסיון, מיומנות ומומחיות להשתלת שיניים .

חדירת שתל לחלל האף. ניתנת למניעה על ידי ביצוע סי טי לפני השתלים, אבחון מדויק, תכנון ממוחשב, שימוש בסד כירורגי ממוחשב.

חדירת השתל לחלל הסינוס. ניתנת להימנע מסיבוך זה על ידי אבחון ותכנון קפדני, צילום סי טי לפני כל השתלה, תכנון מיקום וזווית החדרת השתלים מוחשב , שימוש בסד ניתוחי ממוחשב. חדירה לחלל הסינוס אינה נחשבת למסוכנת, לאחר הוצאת השתל הריפוי מהיר ולרוב ללא סיבוכים. הנזק שנגרם הוא נזק חולף.

פגיעה בשורשי השיניים הסמוכות. במקרים של שורשי שיניים סמוכות קרובים מאד, קיים סיכון לפגיעה במהלך הקידוח, או בזמן החדרת השתל. בנוסף לאמצעי הזהירות המוזכרים בשני בסעיפים הקודמים, מומלץ להשתמש בשתלים צרים יותר או קצרים יותר, הכל לפי המקרה ולפי ממצאי צילום סי טי דנטאלי.

שטפי דם. בכל ניתוח קיימת פגיעה בכלי דם זהירים. לרוב הדימום נעצר תוך מספר דקות, מעצמו או על ידי לחץ של פד גזה על המקום או על ידי תפירה בלחץ. במידה והדימום לא נעצר תוך מספר דקות, נבדקת האפשרות של פגיעה לא מכוונת בכלי דם משמעותי יותר, דבר שדורש התייחסות רצינית.

נפיחות .עלולה להיות כתוצאה מזיהום או כתגובה לניתוח. יש להקפיד על הוראות לאחר השתלת שיניים.

כאב. בדרך כלל עובר תוך מספר ימים, עם או בלי תרופות .

זיהום. סיבוך נדיר, כתוצאה משימוש בטכניקות אנטיספטיות וחיטוי קפדני. מטופל באנטיביוטיקה מותאמת למטופל ולמקרה.